Préchauffer le four à 350 C.
Mélanger les graines de lin moulues et l'eau chaude. Réserver.
Mélanger la farine, le cacao, les graines de lin, la poudre à pâte, le bicarbonate de soude, le sel et la gomme xanthane. Réserver.
Mélanger le lait végétal, le sucre, l'huile de canola, la compote de pomme et la vanille. Bien brasser. Ajouter le mélange de graines de lin et fouetter.
Ajouter les ingrédients secs aux ingrédients humides avec les brisures de chocolat. Mélanger.
Répartir la préparation dans 12 moules à muffin garnis de moules en silicone ou en papier et faire cuire au four 22-25 minutes jusqu'à ce que les muffins soient cuits.